Zaborski Park Krajobrazowy charakteryzuje obfitość naturalnych wód stojących. Na jego obszarze występuje 47 jezior różnej wielkości i genezy. Łączna powierzchnia wszystkich akwenów wynosi 4269,96 ha, co stanowi 12,54 % powierzchni Parku.
Jeziora na terenie Parku mają pochodzenie polodowcowe. Można wśród nich wyróżnić dwa główne typy: jeziora rynnowe – zajmujące głębiej położone miejsca w rynnach wyżłobionych w podłożu przez wody odpływające z lodowca, charakteryzujące się na ogół znaczną głębokością maksymalną, wydłużonym kształtem i stromymi skarpami brzegowymi oraz jeziora wytopiskowe – powstałe zwykle na powierzchni sandrowej w zagłębieniach po wytopionych bryłach martwego lodu.
Jeziora Parku są bardzo zróżnicowane pod względem cech morfologicznych. Największe – Jezioro Charzykowskie – ma powierzchnię 1363,8 ha, głębokość maksymalną 30,5 m, średnią 9,8 m i objętość 134 533,2 tys. m3. Najgłębsze – jezioro Płęsno – osiąga głębokość maksymalną 37,0 m i średnią 16,0 m.
Jeziora Zaborskiego Parku Krajobrazowego reprezentują też różne typy troficzne: oligotroficzne, mezotroficzne ramienicowe, eutroficzne i dystroficzne.
