Zbiorowiska leśne są dominującym przestrzennie elementem krajobrazu Zaborskiego Parku Krajobrazowego. W przeważającej mierze budują je bory sosnowe, wśród których, w zależności od wilgotności podłoża, wyróżniamy: najpowszechniejszy suboceaniczny bór sosnowy świeży, występujący na podłożu suchym sosnowy bór chrobotkowy z silnie wykształconą warstwą porostowo-mszystą oraz porastający siedliska wilgotne sosnowy bór bagienny.
W miejscach o stagnującej wodzie, wykształciły się zbiorowiska olsowe, zaś w dolinach rzek łęg jesionowo-olszowy. Niewielkie, z reguły i rozproszone fragmenty terenu zajmuje grąd subatlantycki, zaś najlepiej wykształcona kwaśna buczyna znajduje się na południowo zachodnim brzegu Jeziora Charzykowskiego.
Istotne znaczenie dla bioróżnorodności Zaborskiego Parku Krajobrazowego mają siedliska nieleśne Na uwagę zasługują torfowiska przejściowe i mechowiska z roślinnością kalcyfilną, łąki, wrzosowiska i murawy napiaskowe.
Szczególnie cenne są zbiorowiska związane z licznymi zbiornikami wodnymi: oligotroficznymi jeziorami lobeliowymi, jeziorami dystroficznymi, ramienicowymi oraz eutroficznymi.