Wszystkie gatunki ptaków występujące w ZPK, z wyjątkiem kilku gatunków łownych, objęte są w Polsce ochroną gatunkową. Gatunkami szczególnej troski są gatunki objęte ochroną strefową, gatunki z Czerwonej Księgi oraz gatunki o szczególnym statusie zagrożenia i ochrony na świecie lub w Europie. Do najcenniejszych elementów awifauny Zaborskiego Parku Krajobrazowego należą: puchacz, bielik, kania czarna, kania ruda, łabędź krzykliwy, zimorodek, żuraw i gągoł.