Inwazyjne gatunki obce są uważane jako jedno z największych zagrożeń dla światowej różnorodności biologicznej. Dlatego od 2009 r. Zaborski Park Krajobrazowy podjął próby zwalczania inwazyjnych gatunków roślin nad Jeziorem Charzykowskim, które są szczególnie ekspansywne i niebezpieczne dla rodzimej flory. Największe zróżnicowanie w składzie gatunkowym wykazano na północnym, południowym i zachodnim brzegu jeziora, czyli tam, gdzie zlokalizowane są wsie i osady. Najczęściej i najobficiej występującymi gatunkami okazały się niecierpek gruczołowaty i rdestowiec sachaliński, które najprawdopodobniej są uciekinierami z ogródków przydomowych i teraz swobodnie rozprzestrzeniają się w środowisku naturalnym. Wschodni brzeg jeziora zdominowany jest przez powszechnie już występującego w siedliskach grądów i buczyn niecierpka drobnokwiatowego.
Oprócz wyżej wymienionych gatunków w strefie brzegowej Jeziora Charzykowskiego odnotowano również rdestowca ostrokończystego, kolczurkę klapowaną, czeremchę amerykańską, sumaka octowca i rudbekię nagą. Niecierpek gruczołowaty i niecierpek drobnokwiatowy są mechaniczne usuwanie z miejsc ich występowania przez wyrywanie. Prace te wykonywane są przed okresem dojrzewania owoców i są powtarzane przez kolejne lata, ze względu na różną żywotność nasion zalegających w glebie.
