Inwentaryzacja prowadzona przez dr. Krzysztofa Kasprzyka z UMK Toruń potwierdziła występowanie na terenie ZPK dziewięciu gatunków nietoperzy. W ramach czynnej ochrony tej grupy zwierząt na terenie Parku zainstalowano blisko 500 szt. różnego typu schronień rozrodczych, w tym m.in.: Issel, Stratmann, naścienne, Hajnówka i ProTheria. Trzy pierwsze rodzaje schronień są drewniane, budki Hajnówka wykonano z trzocin i cementu, a ProTheria z mieszaniny cementu i rozdrobnionego styropianu. Schronienia ulegające degradacji na bieżąco są wymieniane. Budki rozmieszczono na terenach leśnych w przeszło dwudziestu skupiskach. Schronienia naścienne umieszczono na ambonach myśliwskich oraz wybranych budynkach w obrębie siedzib ludzkich. Prowadzony jest monitoring zasiedlenia.
Na terenie ZPK brakuje dogodnych miejsc do zimowania nietoperzy. Na potrzeby zimowiska tych zwierząt zaadaptowano obiekt położony na terenie leśnictwa Kokoszka w nadleśnictwie Przymuszewo. Jest to piwnica domu mieszkalnego znajdującego się w byłej osadzie leśnej Kulki koło Swornegaci w gminie Chojnice. Budynek w części nadziemnej dawno został rozebrany i groził zawaleniem. Wzmocniono konstrukcję piwnicy przez wykonanie betonowej, zbrojonej opaski, następnie uzupełniono ubytki w fundamencie i podstemplowano strop. Obiekt został dobrze odizolowany od warunków zewnętrznych: wykonano gruby strop, który zasypano ziemią, poprawiono wentylację obiektu, zamknięto klatkę schodową, wybudowano właz inspekcyjny z wlotem dla nietoperzy. Wewnątrz wybudowano nowe ścianki z cegły dziurawki, podwieszono moduł hibernacyjny ze szczelinami, aby stworzyć nietoperzom dużą ilość ukryć. Wykorzystując istniejące przewody kominowe wyprowadzono kanał wentylacyjny dla zapewnienia cyrkulacji powietrza. Po wykonaniu prac adaptacyjnych i zabezpieczających obiekt w pełni spełnia wszystkie wymagania siedliskowe jako miejsce hibernacji dla nietoperzy. Piwnica objęta jest monitoringiem temperatury i wilgotności przy pomocy automatycznego rejestratora. W rejonie zimowiska rozwieszono letnie schronienia dla nietoperzy, aby zachęcić je do osiedlenia się w tej części Parku.