Na terenie Zaborskiego Parku Krajobrazowego odnotowano dotychczas 907 gatunków roślin naczyniowych. Wśród nich 76 gatunków objętych jest ochroną gatunkową w tym 40 ochroną ścisłą i 36 ochroną częściową według Rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 9 października 2014 r. w sprawie ochrony gatunkowej roślin (Dz.U. 2014 nr 0 poz. 1409).
Flora Zaborskiego Parku Krajobrazowego jest bardzo zróżnicowana, ze względu na mnogość siedlisk tu występujących. Na szczególną uwagę zasługuje grupa reliktów glacjalnych, które są pozostałością ostatniego zlodowacenia. Należą do nich m.in.: turzyca strunowa, bażyna czarna, zimoziół północny oraz kilka gatunków reliktowych mszaków.
Interesującymi składnikami flory są gatunki związane z oligotroficznymi jeziorami lobeliowymi: lobelia jeziorna, poryblin jeziorny, elisma wodna i jeżogłówka pokrewna.
Na uwagę zasługują również gatunki związane z siedliskami kalcyfilnymi, czyli bogatymi w węglan wapnia: lipiennik Loesela, skalnica torfowiskowa i obuwik pospolity gatunki z załącznika II Dyrektywy Siedliskowej.
Lista gatunków roślin naczyniowych chronionych i zagrożonych na terenie ZPK
Lista gatunków chronionych i zagrożonych mszaków na terenie ZPK
Lista gatunków chronionych i zagrożonych porostów na terenie ZPK